Am 21. Februar 1999 wurde im Gasthaus Tremmel, Ayrhof, Landkreis Regen die Arbeitsgemeinschaft noch produzierende Landwirte in Ostbayern gegründet. Die 40 Gründungsmitglieder aus den Lkr. Regen, Passau, Cham, Straubing-Bogen und Schwandorf, die mit der Agrarpolitik des Bauernverbandes seit längerem unzufrieden waren, wollten mit dieser neuen Organisation eine Interessenvertretung speziell für Milchviehhalter und Grünlandbetriebe schaffen.

Wolfgang König aus Sohl, Lkr. Regen wurde zum Vorsitzenden der AnpLO bestimmt, als Stellvertreter wurde Kienberger Hans aus Ried, Lkr. Straubing-Bogen und Johann Hamperl aus Kollenzendorf, Lkr Cham gewählt. Die AnpLO ist ein e.V., eingetragener Verein.

Als Ziel dieser neuen Organisation wurde unter anderem die Abschaffung der Flächenprämie zugunsten einer Arbeitskraft gekoppelten Prämie herausgestellt. Größere Aktionen im Gründungsjahr waren die Diskussionsveranstaltung mit Rezzo Schlauch, Fraktionsvorsitzender der Grünen im Deutschen Bundestag der Besuch von Gerald Thalheim (SPD), parlamentarischer Staatssekretär im Bundeslandwirtschaftministerium bei der AnpLO in Ascha und Passau, sowie der Besuch bei Bundeslandwirtschaftsminister Funke (SPD) in Bonn.

Herausragendes Ereignis in der Landwirtschaftpolitik des Jahres 2000 war die Einführung der Milchquotenbörse. Die AnpLO hielt und hält diese Maßnahme nach wie vor für verfehlt.

Versammlungen mit Christian Stockinger, Leiter der Landesanstalt für Betriebswirtschaft und Agrarstruktur sowie mit Josef Dick dem Leiter der Milchquotenverkaufsstelle bei der Landesanstalt für Ernährung dienten der Information der Landwirte über dieses umstrittene Thema. In dieser Zeit schloss sich die AnpLO dem Bundesverband Deutscher Milchviehhalter (BDM), um dessen Vorsitzenden Romuald Schaber an, um bessere Informationen und mehr Einfluss auf die Politik zu gewinnen. Auch zur Arbeitsgemeinschaft bäuerliche Landwirtschaft (AbL) wurde Kontoakte geknüpft.